Existen dos tipos de pigmentos que dan coloración al pelaje de los cuyes, estos son: el granular y el difuso. El pigmento granular tiene tres variantes: rojo, marrón y negro; los dos últimos se encuentran también en la piel dándole un color oscuro. El pigmento difuso se encuentra entre el color amarillo pálido a marrón rojizo, estos pigmentos fueron encontrados en la capa externa del pelo, se encuentra completamente formados y siempre en asociación con pigmentos granulados.
Los cambios de tonalidades de color como consecuencia de cambios de temperatura en cuyes se aprecia en animales jóvenes, a medida que se acentúa el frío, los colores se oscurecen. Hay que notar una característica muy particular en el pelo del cuy y es que la base del pelo tienen un color blanco en el caso de los pelajes claros y un poco gris en el caso de pelajes oscuros. Conforme se llega a la punta la coloración del pelo se va acentuando y comienza a aparecer el color que va ha presentar la capa del animal. También se observa que la fibra de la capa externa del animal es más gruesa que la capa interna.
El pelo del cuy esta compuesto por una capa externa o cutícula la cual es fina y la corteza que es medular. La finura es irregular debido al alto grado de variación del diámetro, lo cual determina su baja condición textil, asimismo no resiste a las tensiones debido a su gran contenido medular. La longitud es variable de acuerdo al tipo. Los tipos I y 2 tienen fibras cortas y lacias, sin embargo sus características de suavidad y brillo son cualidades sobresalientes. La finura del pelo de los diferentes tipos de cuyes, se muestra en el Cuadro 1.
La clasificación de acuerdo al color del pelaje se ha realizado en función a los colores simples, compuestos y a la forma como están distribuidos en el cuerpo (Chueca, 1972; Zaldívar, 1976).
Pelaje simple. Lo constituyen pelajes de un solo color, entre los que podemos distinguir:
| · Blanco | blanco mate |
| blanco claro |
| · Bayo (amarillo) | bayo claro |
| bayo ordinario |
| bayo oscuro |
| · Alazán (rojizo) | alazán claro |
| alazán dorado |
| alazán cobrizo |
| alazán tostado |
| · Violeta | violeta claro |
| violeta oscuro |
| · Negro | negro brillante |
| negro opaco |
Pelaje compuesto. Son tonalidades formadas por pelos que tienen dos o más colores.
| · Moro | moro claro: más blanco que negro |
| moro ordinario: igual blanco que negro |
| moro oscuro: más negro que blanco |
| · Lobo | lobo claro: más bayo que negro |
| lobo ordinario: igual bayo que negro |
| lobo oscuro: más negro que bayo |
CUADRO 1 : Finura del pelo de los cuyes según los diferentes tipos
| Tipo | Finura del pelo |
| Tipo 1 | 56,92 ± 3,88 µ |
| Tipo 2 | 53,93 ± 3,72 µ |
| Tipo 3 | 41,05 ± 2,91 µ |
| · Ruano | ruano claro: más alazán que negro |
| ruano ordinario: igual alazán que negro |
| ruano oscuro: más negro que alazán |
Overos. Son combinaciones de dos colores, con siempre presente el moteado blanco, que puede ser o no predominante. En la denominación se nombra el color predominante.
| · Overo | overo bayo (blanco amarillo) |
| bayo overo (amarillo blanco) |
| overo alazán (blanco rojo) |
| alazán overo (rojo blanco) |
| overo moro (blanco moro) |
| moro overo (moro blanco) |
| overo negro (blanco negro) |
| negro overo (negro blanco) |
Fajados. Tienen los colores divididos en secciones o franjas de diferentes colores.
Combinados. Presentan secciones en forma irregular y de diferentes colores.
Particularidades en el cuerpo. Presentan manchas dentro de un manto de color claro.
| · Nevado | pelos blancos salpicados |
| · Mosqueado | pelos negros salpicados |
Particularidades en la cabeza.
| · Luceros | presentan manchas en la cabeza |
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